Dalam menjalankan kegiatannya, IMAJI berpegang pada prinsip-prinsip sebagai berikut:
- Meringankan penderitaan manusia yang membutuhkan pertolongan merupakan prioritas utama.
- Menghormati dan melindungi hak asasi manusia.
- Mengutamakan pembelaan dan perlindungan terhadap hak-hak masyarakat yang mengalami marginalisasi baik secara ideologi, politik, sosial, ekonomi, budaya, hukum, gender serta orientasi seksual.
- Tidak melakukan pembedaan, pembatasan, pengucilan yang dibuat atas dasar jenis kelamin, suku, ras, warna kulit, agama dan kepercayaan, afiliasi politik, kelompok/golongan, bentuk tubuh, kemampuan tubuh, usia, status sosial ekonomi dan orientasi seksual.
- Tidak melakukan dan menentang perlakuan yang mengakibatkan timbulnya kesengsaraan atau penderitaan secara psikis/mental, fisik, seksual, dan ekonomi, terhadap setiap orang atau kelompok dalam masyarakat, termasuk kekerasan berbasis gender.
- Menghormati, menghargai dan melindungi kepentingan terbaik untuk anak.
- Berupaya mencari cara untuk senantiasa melibatkan mereka yang dibantu melalui program yang dilaksanakan.
- Dalam kegiatan pemberian informasi, publikasi dan periklanan, kami harus melihat para pihak yang membutuhkan pertolongan sebagai manusia yang bermartabat dan bukan sebagai orang-orang yang tidak mempunyai harapan sama sekali.
- Berkarya berdasarkan kerelawanan yang tidak menjadikan imbalan atau kedudukan sebagai tujuan.
- Menjaga, merawat, mengelola sumberdaya alam dan lingkungan hidup secara berkelanjutan.
- Menjaga independensi dan tidak menjadi bagian atau berada di bawah, atau mewakili kepentingan lembaga-lembaga pemerintah dan/atau lembaga-lembaga negara lainnya.
- Tidak menjadi bagian atau berafiliasi dengan partai politik dan tidak menjalankan politik praktis dalam arti mengejar jabatan politik.
- Menjadikan lembaga sebagai pelayan kepentingan masyarakat, bukan untuk mencari dan mengumpulkan keuntungan atau laba.
- Menjalankan kegiatan lembaga berdasarkan prinsip akuntabilitas, tidak kolusi korupsi dan nepotisme, serta melaporkan pertanggungjawaban program kepada pihak yang dimintasi bantuan dan yang memberikan bantuan serta pihak-pihak yang terkait.